Desde Bogotá, intentaron frenar el poder de Páez, en cambio él salió más fortalecido y decidido a continuar al mando.

En 1825 se vivió un estado de emergencia en Venezuela por la actividad de algunas guerrillas realistas y la posibilidad de una invasión española desde Cuba, estos hechos motivaron a que el gobierno decretara una conscripción militar.

Páez cumplió la orden de reclutamiento, pero algunos excesos de sus reclutadores y la enemistad de la municipalidad de Caracas con él, le traen una acusación de la municipalidad a Bogotá por atropellos.

Páez fue destituido de su puesto de comandante general del Departamento de Venezuela y llamado a Bogotá para enfrentar un juicio. Inicialmente, dispuesto a refutar los cargos, Páez cambió de idea tras el pronunciamiento favorable de Valencia, donde desconocieron al nuevo comandante general Juan Escalona e instaron a Páez a permanecer en el mando.

El movimiento, conocido como La Cosiata, se extendió por buena parte del departamento y estuvo casi provoca una guerra civil, hasta que el Libertador que vino desde Perú, se entrevistó con Páez el 1 de enero de 1827 y decretó un indulto a todos los implicados, nombrándolo de nuevo jefe civil y militar de Venezuela.

Páez salió fortalecido del movimiento, fue visto como el hombre que podía enfrentar la política forjada por Santander desde Bogotá. Hasta La Cosiata, Páez fue muy respetado gracias a sus éxitos militares durante la guerra. A partir de entonces empezó a ser visto como un político, con el poder e ingenio necesarios para seguir y defender cualquier cambio hecho bajo el orden constitucional. Páez contó con más poder que nunca.

Durante su estadía en Caracas, Bolívar le explicó el plan de la invasión a Cuba que estaría comandado por Páez con unos 10.000 infantes y 1.000 jinetes. El plan no se llevó a cabo por la complicada situación política.